Отказ налоговой инспекции в праве применения Вашей организацией УСНО абсолютно правомерный. Более того, если по 2й компании Вы будете исчислять и уплачивать налоги как при УСНО, то налоговые органы имеют право все пересчитать и предъявить Вам требование об уплате налогов по традиционной системе нлогообложения, а так же штрафы и пени.
Спасибо, и Вас с наступающим!